Theo đề án thành lập thành phố Phú Quốc thuộc tỉnh Kiên Giang trình Chính phủ, việc thành lập thành phố trên cơ sở giữ nguyên hiện trạng diện tích, dân số và kết cấu hạ tầng đô thị của huyện đảo Phú Quốc với 12 đơn vị hành chính trực thuộc, gồm 10 phường và 2 xã. Phú Quốc định hướng vùng phát triển đô thị theo trục Bắc-Nam, diện tích 3.852ha.  
Trung tâm đảo là khu đô thị Dương Đông là trung tâm hành chính, dịch vụ công cộng; thương mại, tài chính quốc tế, dịch vụ du lịch và khu dân cư tập trung. Phía Nam đảo là khu đô thị An Thới, với cảng quốc tế, đầu mối kỹ thuật - trung tâm tiếp vận, phi thuế quan, thương mại, du lịch và dịch vụ du lịch, công nghiệp nhẹ; trung tâm văn hóa, gìn giữ giá trị lịch sử, nhân văn của đảo. Khu đô thị Cửa Cạn nằm ở phía Bắc đảo hoạt động nghiên cứu, bảo tồn rừng, biển, nông nghiệp và du lịch.
Bên cạnh đó, vùng phát triển du lịch sinh thái 3.051 ha bố trí dọc theo bờ biển Tây gồm Gành Dầu, Bãi Dài, Cửa Cạn; phía Bắc gồm Bãi Thơm, Rạch Tràm, Rạch Vẹm; phía Nam gồm Bãi Sao, Bãi Khem, quần đảo Nam An Thới. Vùng phát triển du lịch hỗn hợp diện tích 810 ha bố trí ở khu vực Bãi Vòng và Vịnh Đầm. 
Tại hai vùng du lịch này xây dựng 5 sân gofl là Cửa Cạn, Bãi Dài, Bãi Vòng, Bãi Sao, Bãi Thơm. Vùng phát triển phức hợp du lịch, dịch vụ và dân cư 1.235ha bố trí ở khu vực Bãi Trường.